关于员工患重大疾病时公司能否辞退的问题，核心法律依据是《中华人民共和国劳动合同法》相关条款。
- 《劳动合同法》第四十二条第三项明确：“劳动者患病或非因工负伤，在规定医疗期内的，用人单位不得依照第四十条（如医疗期满不能胜任工作等）、第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。”这直接保护了员工医疗期内的劳动权益，即医疗期内公司不能以此两类理由辞退员工。
- 同时，该法第四十条第一项规定：“医疗期满后，若员工不能从事原工作也不能从事另行安排的工作，用人单位提前三十日书面通知或支付代通知金后，可解除劳动合同。”这表明医疗期满后，若员工确实无法胜任工作，公司在履行法定程序后可合法辞退。
综上，公司能否辞退员工，取决于员工是否处于医疗期内，以及医疗期满后是否具备法定辞退条件。医疗期内一般不得辞退，医疗期满后符合条件可辞退。
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员工患重大疾病时，若公司处理不当或员工自身疏忽，可能面临法律风险：
1. 违法辞退的赔偿风险：医疗期内无合法理由（如非员工严重违纪等情形）辞退员工，构成违法解除劳动合同。例如，某员工在本单位工作5年以上，医疗期12个月，公司在第6个月以“无法胜任工作”为由辞退，员工有权要求支付赔偿金（经济补偿标准的二倍），公司将额外承担经济损失。
2. 证据不足的维权风险：若未保存关键证据（如诊断证明、医疗期申请记录、沟通记录等），可能无法证明自身处于医疗期或公司违法解除。例如，仅口头请假未提交书面证明，公司否认后以旷工辞退，员工因证据不足难以维权。
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员工患重大疾病时，公司能否辞退还可能受特殊情况影响：
1. 特殊疾病的医疗期延长：癌症、精神病等特殊疾病，即使实际工作年限较短（如5年以下），医疗期也可能延长。例如，某员工实际工作5年以下、本单位工作3年，常规医疗期3个月，因患癌症经批准可延长至24个月，延长期间公司仍不得辞退。
2. 老员工的特殊保护：若员工在本单位连续工作满15年且距退休年龄不足5年，即使医疗期满后不能胜任工作，公司也不得依据《劳动合同法》第四十条第一项辞退，这是对老员工的特殊限制。
3. 欺诈行为的例外：若员工通过伪造证明、隐瞒病情等欺诈手段获取医疗期，或在医疗期内从事违法违规活动且严重违纪，公司可依法辞退，此时疾病情况不能成为免责理由。
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员工患重大疾病后处理劳动关系时，需避免以下错误操作：
1. 忽视医疗期申请：未及时提交书面申请及正规医疗证明，可能被公司以“旷工”辞退，丧失医疗期权益。
2. 拒不合理安排：医疗期满后，若无正当理由拒绝公司合理工作安排，公司可依据《劳动合同法》第四十条第一项辞退，员工难以主张违法。
3. 拖延维权时效：劳动争议仲裁时效为1年（从知道权利被侵害起算），逾期维权将无法获得法律救济。

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